É uma condição de corrida. O primeiro a correr vence. Você precisará dividir o aplicativo 4.0 em seu próprio pool de aplicativos. Aqui está um writeup sobre isso que eu escrevi alguns anos atrás, mas ainda é aplicável hoje (para IIS6): link
IIS 6 com cerca de 25 sites, um dos quais é o .net framework 2.0 com um aplicativo .net framework 4.0 abaixo dele executando o mvc 3 em seu próprio pool de aplicativos. Ele funciona bem por algum tempo, depois vemos o evento 1062 e o aplicativo .net 4 não responde até que o pool de aplicativos seja reciclado. Toda vez que eu vi 1062 no passado, o aplicativo não vai aparecer uma vez - o que poderia estar causando isso?
É uma condição de corrida. O primeiro a correr vence. Você precisará dividir o aplicativo 4.0 em seu próprio pool de aplicativos. Aqui está um writeup sobre isso que eu escrevi alguns anos atrás, mas ainda é aplicável hoje (para IIS6): link
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