O PKC é um método perfeitamente aceitável de licenciamento do Office para empresas (desde que não seja uma versão voltada para uso doméstico, obviamente). Praticamente todas as nossas instalações do Office 2007 e 2010 são licenciadas com cartões de licença medialess (2007) e cartões de chave de produto (2010). Tendo acabado de concluir uma auditoria com a Microsoft há algumas semanas, eles não tiveram problemas com esse método de licenciamento.
Provavelmente, a maior desvantagem desse método é o gerenciamento das licenças, como você aponta. Você tem que manter todos os pedaços de cartão com o código do produto, como eles são sua prova de licença (uma chave de produto por si só não é prova de licença ). Você também precisará garantir que o mesmo código não esteja instalado em várias máquinas, pois isso viola os termos da licença.
Se você tiver alguma dúvida, entre em contato com um revendedor local da Microsoft - eles normalmente têm um especialista em licenciamento da Microsoft com quem você pode falar.