O PowerShell pode fazer isso por você ...
Não tenho certeza de como fazer isso.
Na caixa RDS, em Ferramentas Administrativas, Executar como administrador - Módulos do Windows PowerShell.
CD RDS:
CD .\RDSConfiguration\Connections\RDP-Tcp\SecuritySettings
Set-Item .\SSLCertificateSHA1Hash
Você precisará ter a impressão digital do certificado, acredito.