Você descobriu qual era o seu problema?
Na verdade, me deparo com o mesmo problema, e é claro que foi tudo culpa minha: estou usando o capistrano para implantar meu aplicativo e esqueci que ele fica no diretório "atual". Então, ao invés de
root /var/www/myapp/public;
o aplicativo estava realmente em
root /var/www/myapp/current/public;
Espero que isso ajude.
Rgds, Rollo