Você pode anexá-lo ao final da configuração da ponte.
Estou tendo alguma confusão ao colocar minhas regras do IPTABLE.
auto lo
iface lo inet loopback
# The primary network interface
auto eth2
iface eth2 inet manual
auto br0
iface br0 inet static
address 192.168.1.17
netmask 255.255.255.0
network 192.168.1.0
broadcast 192.168.100.255
gateway 192.168.100.100
# dns-* options are implemented by the resolvconf package, if installed
dns-nameservers 192.168.103.2
dns-search mydomain.com
bridge_ports eth2
bridge_fd 9
bridge_hello 2
bridge_maxage 12
bridge_stp off
Acima está minha configuração de bridge onde devo colocar a linha pre-up iptables-restore no set acima.