Você pode fazer algumas coisas para acelerar a inserção do lote.
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Desabilite quaisquer índices e chaves na sua tabela antes do upload, isso permitirá que qualquer linha duplicada seja inserida (um pouco confusa, mas fácil de limpar depois), mas vai acelerar a inserção de um grande negócio
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Faça um lote
COMMIT
a cada N linhas. Se você estiver usando uma tabela InnoDB que funcione de uma maneira completamente transacional, apenas COMITE todas as N linhas (não o faça muito baixo ou muito alto) para que toda a transação não seja armazenada na memória antes de se comprometer com o disco
Deixe-me saber como esses truques funcionam para você!