Na verdade, existem alguns lugares em que você pode definir o limite de tamanho do anexo no Exchange, no servidor, na caixa de correio, no conector de envio, etc. Você pode obter esses limites usando o PowerShell. Dê uma olhada em este artigo para ver todas essas opções e o powershell para descobri-las.
Você pode hospedar um tempo de execução do PowerShell dentro de um aplicativo .net. Isso permitiria que você executasse comandos do Powershell e recuperasse objetos .net para trabalhar.