A documentação não está muito clara sobre como fazer isso, e é difícil julgar o que está faltando sem ver todo o seu arquivo de configuração.
Um tiro no escuro:
passwd_chroot_enable If enabled, along with chroot_local_user, then a chroot() jail location may be specified on a per-user basis. Each user's jail is derived from their home directory string in /etc/passwd. The occurrence of /./ in the home directory string denotes that the jail is at that particular location in the path. Default: NO
Tente definir isso como SIM. Se ainda não funcionar, por favor:
- Adicione seu arquivo de configuração completo à sua pergunta
- Mostrar em qual usuário você está se registrando como
- Explique como você está verificando que não está chrooted