Eu tentei alterar o mecanismo de banco de dados várias vezes no mysql e não tive problemas.
No entanto , prefiro fazê-lo em uma máquina de teste. Você precisa apenas exportar o banco de dados e importá-lo na máquina de teste. Você pode então mudar o motor e verificar se há erros / avisos / perda de dados. Para gerar a carga, você pode criar seu próprio script para simular uma carga real ou usar uma ferramenta existente para fazê-lo. Para este ponto, você tem que usar uma máquina que seja poderosa o suficiente para julgar o desempenho de uma forma razoável.