Você teria que configurar dois pools separados de php "workers" no seu php-fpm.conf , cada um usando um php_defines diferente bem como uma porta diferente. Um teria o APC ativado, um não. Como habilitar ou desabilitar o APC dependeria se você o construísse no executável do PHP ou não. Se ele estiver integrado, você adicionará apc.enabled=0 em um php_defines para desativá-lo nesse pool de trabalho. Caso contrário, você removeria o extension=apc.so do seu arquivo .ini padrão e o moveria para um dos php_defines para habilitá-lo nesse pool de trabalho.
No nginix, você deve ser capaz de definir qual pool de trabalhadores será usado em uma base de location , colocando a porta correta em fastcgi_pass . Você pode testar se está funcionando ou não, criando um pequeno script chamando phpinfo () em cada local e verificando a saída para o APC.