Você deve alterar o proprietário do usuário e as permissões do instalador. Se os problemas persistirem, tente o mesmo na pasta de instalação e nos arquivos:
sudo chown <yourUserName> <file>
sudo chown -R <yourUserName> <folder>
sudo chmod 0644 <file>
sudo chmod 0644 -R <folder>
Em que <yourUserName>
é seu nome de usuário e <file/folder>
do arquivo ou da pasta a ser processada.
Tente instalar o Eclipse em uma pasta separada na sua pasta Home, por exemplo: /home/$USER/Programs/Eclipse