Estou um pouco perdido em sua pergunta. Você fala sobre o WINS, mas traz "ipconfig / registerdns" para ele. "ipconfig / registerdns" em um cliente não fará nada para afetar a capacidade do cliente de resolver nomes NetBIOS.
Eu não acho que você está realmente resolvendo o seu problema com o "ipconfig / registerdns" (especialmente porque você diz que tem que fazer isso várias vezes ao dia). Eu suspeito que você esteja tendo um pouco de efeito placebo ao executar isso.
A Coisa Certa TM para fazer, para mim, seria farejar o tráfego de resolução de nomes que sai de um cliente quando ele não puder resolver o nome "foo" e ver o que está tentando Faz. Com clientes Windows XP eu esperaria vê-lo consultando seu servidor DNS primário para "foo.primary.DNS.suffix" primeiro, seguido por todos os sufixos na "Lista de Pesquisa de Sufixo DNS" (execute "ipconfig / all" no cliente para ver esta lista). Se ele não obtiver uma resposta satisfatória do DNS, ele retornará à resolução de nomes do NetBIOS. Você deve ver uma solicitação enviada ao servidor WINS e, supondo que esteja usando a resolução de nomes NetBIOS de "nó H", uma transmissão para o nome.