Eu tenho o mesmo problema ao atualizar para o Ubuntu 16.04, ele estava funcionando bem antes.
As ferramentas da Brother estão detectando corretamente o scanner, mas não o SANE, então você pode sempre digitalizar usando brscan-skey
, ir para o seu scanner e pressionar o botão de digitalização.
Eu resolvi o problema reinstalando o driver do scanner com uma versão mais recente:
sudo apt-get remove brscan4
sudo dpkg -i brscan4-0.4.4-1.amd64.deb
adicione seu scanner
brsaneconfig4 -a name="Brother scanner" model="MFC-L2720DW" ip="192.168.1.228"