Não sei exatamente o que você está perguntando, mas aqui vai:
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O NLB é um componente do Windows, não do IIS.
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O NLB trabalha na camada de rede. Você pode criar regras de porta NLB para balancear a carga de tráfego TCP e \ ou UDP em qualquer porta ou intervalo de porta.
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O NLB não é "ciente do aplicativo". Não tem conhecimento de nada acima da camada 3. Ele não sabe ou se preocupa com o WAS, WCF ou HTTP. Ele só carrega o tráfego de saldos com base nas regras de porta que você cria. Ele não carrega o balanceamento com base na carga do aplicativo, CPU ou carga de memória, etc.