Na verdade, o -passout é ignorado. Última frase da ajuda para -des3 na página do manual é
These options can only be used with PEM format output files.
Os utilitários do OpenSSL simplesmente não lidam com chaves no formato não-PEM.
Para a duração de uma chave, por que você se importa se a base64 aumentou 1/3 mais? Para a maioria dos sistemas de arquivos, isso ainda será menor que um bloco, portanto, não haverá alteração real na quantidade de espaço em disco usada.