Você está tentando registrar quem está esvaziando a mesa? O phpMyAdmin não ajuda aqui; mesmo se você pudesse ativar o log com ele, você veria apenas os comandos enviados pela interface do phpMyAdmin. Então isso não ajuda muito.
Parece que você quer ativar o log binário do MySQL. Isso pode gerar arquivos de log grandes, mas deve ajudar.