Primeiro de tudo, não tenho certeza do que você chama de "muitas vezes". Mas na minha opinião, um servidor de banco de dados não deve falhar. Você deve realmente tentar chegar ao fundo deste problema. É todo o servidor que desce ou apenas o processo do MySQL? Logs do acidente? MyISAM ou Innodb?
Claro que existem maneiras de fazer com que o MySQL falhe. O mais óbvio que você provavelmente encontrará é configurar o MySQL para usar mais memória do que a disponível (ele ficará sem memória e falhará aleatoriamente).
Mas para responder às suas perguntas:
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Existem limitações conhecidas, a maioria delas provenientes do SO. Lembre-se de que cada banco de dados é armazenado em um arquivo separado, o que pode fazer com que você execute recursos como identificadores de arquivo. Dependendo da sua configuração, os bancos de dados 600 podem começar a pressionar esses limites, o que pode causar falhas irritantes sob carga.
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Eu não chamaria a maioria das instalações de ERP muito complicadas nem a quantidade de dados com que você está lidando é muito grande. Minha principal recomendação é garantir que a sua instalação HW / SW seja confiável. A menos que você tenha sérios problemas de carregamento, sharding / master-slaves e configurações semelhantes provavelmente reduzirão a confiabilidade de sua configuração, devido à complexidade adicional.