A resposta curta é sim. Eu recomendaria colocar suas inclusões em uma tag IfModule
, por exemplo:
<IfModule mod_rewrite.c>
Include conf/mod_rewrite_rules.conf
</IfModule>
Alterações na configuração das regras de reescrita exigirão um recarregamento de toda a configuração, em oposição a .htaccess
.