Se a VPN está realmente atuando como um proxy, então os endereços de origem devem ser reescritos para o ponto mais distante da sessão do ppp (a menos que seja uma interface não numerada, mas eu não vi isso em uma vpn). Se na verdade ele está roteando normalmente e o destino pode estar em qualquer lugar, isso se torna um problema mais interessante.
A solução base é descrita no LARTC - você deseja criar uma segunda tabela de roteamento especificando o túnel VPN como a rota padrão e, em seguida, adicionar filtros para direcionar algum tráfego para ver a tabela de roteamento secundária em vez da padrão um. Se você precisar apenas de um aplicativo para fazer o túnel e o aplicativo puder se vincular ao IP da interface do túnel, o roteamento baseado em política do IP de origem deve funcionar - veja o exemplo aqui: link