Você pode atualizar o apache no Debian com apt-get upgrade ou apenas instalar um novo pacote Debian com o dpkg -i (embora isso deva ser da mesma versão do Debian a menos que você queira substituir todos os dependentes do Apache também). / p>
Se o Debian vir um arquivo de configuração modificado onde normalmente colocaria um arquivo de um pacote, ele manterá o arquivo modificado, veja: link
Atualizar o PHPMyAdmin é um problema um pouco diferente, já que a última versão empacotada do Debian é a versão 2.11, eu sugiro que a melhor maneira de fazê-lo seria pegar o pacote fonte de link e instale-o separadamente, depois mova suas configurações olhando os arquivos em / etc / phpmyadmin (repositório de arquivos do Debian PHPMyAdmin 2.11 conf) para a nova versão.