netstat
tem uma opção -p
que mostra qual programa está fazendo a conexão
$ wget http://serverfault.com &
$ netstat -ap
...
Proto Recv-Q Send-Q Local Address Foreign Address State ID/Program
tcp 0 0 rgb.example.com:1034 stackoverflow.com:http ESTABLISHED 2578/wget
Você pode usar ps
para descobrir qual usuário está executando esse processo, qual é o processo pai e outras informações úteis.
Você pode usar tcpdump dst net 123.123.123
para ver quais dados estão sendo enviados e recebidos.