Isso acontece em duas situações. Algo executou uma instrução FLUSH LOGS que faz com que o mysqld feche e reabra todos os logs, incluindo o log lento.
Como alternativa, algo enviou um sinal SIGHUP
para o mysqld. Isso também faz com que o mysqld feche e reabra os logs. Um SIGHUP
é comumente enviado por logrotate quando ele executa a rotação de log.