O Tomcat no Ubuntu armazena a configuração em / etc / tomcat *. Usuários normais podem não ter acesso de leitura a todos os arquivos de configuração (por exemplo, /etc/tomcat6/tomcat-users.xml). Se você gostaria de executar o tomcat como um usuário normal para testes / desenvolvimento, eu recomendaria apenas fazer o download da distribuição binária do tomcat e descompactar / descompactar em algum diretório sob seu $ HOME. Em seguida, execute bin / startup.sh e pronto. Isso também evita o incômodo de executar o sudo para cada alteração na configuração do tomcat.
BTW, se você não tiver requisitos específicos para o Tomcat5, recomendo usar uma versão mais recente (Tomcat6 / Tomcat7).