Parece que o GTK estava usando uma entrada diferente para o mouse. Veja esta postagem do blog para uma descrição detalhada.
Eu tive que usar xinput set-prop :
xinput set-prop 11 278 -1, -1, -1
Eu habilitei rolagem natural para o mouse sem fio usando xinput
xinput set-button-map 11 1 2 3 5 4 7 6
Isso funciona bem em quase todos os aplicativos com exceção notável Nautilus e última versão do Chrome. Para o touchpad, habilitei a rolagem natural pelas configurações e também funciona no Nautilus e no Chrome. Como posso fazê-lo funcionar em todos os aplicativos para mouse sem fio também?
Parece que o GTK estava usando uma entrada diferente para o mouse. Veja esta postagem do blog para uma descrição detalhada.
Eu tive que usar xinput set-prop :
xinput set-prop 11 278 -1, -1, -1