Existe uma maneira de desfragmentar apenas um único arquivo - Contig da SysInternals:
Eu não sei se você pode fazer isso enquanto os arquivos estão em uso, eu acho que não, mas estou disposto a me surpreender.
Mas eu sou um pouco cético quanto a isso, a menos que eles fiquem severamente fragmentados (contig dirá a você quantos fragmentos eles estão) - especialmente se você estiver usando discos rígidos modernos que abstraem onde eles estão escrevendo para que possam reescrever para evitar erros, um sistema de disco RAID com um controlador que tenha cache de disco, com cache de disco do sistema operacional.
E os arquivos dentro das máquinas virtuais também podem ser fragmentados, de modo que não acessem necessariamente partes contíguas do VHD. E se o Hyper-V for parecido com o VMWare, ele terá seu próprio tratamento de disco, que mesclou várias leituras / gravações das VMs em menos leituras / gravações para os discos reais.
Resumo: não espere acelerações milagrosas, a menos que você tenha adicionado e removido máquinas virtuais de tamanhos diferentes várias vezes.