Eu acredito que
A) sim, as unidades são controladas individualmente; Embora eu não tenha experiência direta com o WS2008R2, o Win7 pára de girar unidades individuais; e
B) os comandos wake são específicos do drive.
Isso pressupõe que o sistema possa ver as unidades individuais (ou seja, elas não estão ocultas em um agregado como um controlador RAID) e que as unidades estão realmente ociosas. Qualquer atividade que não possa ser satisfeita pelo cache (que significa qualquer gravação) exigirá que a unidade esteja girando.