Eu não acho que vai ficar devagar, já que o BGP4 no linux (usando o quagga) faz a mesma coisa. Se você obtiver a tabela de roteamento global, ela inserirá todas as rotas conhecidas (algumas centenas de milhares) na tabela de roteamento do kernel. Mas a menos que você esteja usando um protocolo de roteamento (BGP, OSPF, etc), por que você tem a necessidade de 50k rotas na sua tabela de roteamento?