Você vai querer configurar instâncias instaladas separadas do Apache para cada desenvolvedor, ou configurar VMs individuais para cada desenvolvedor.
Se for para instâncias separadas do Apache, pode ser útil instalá-las no diretório pessoal de cada usuário para facilitar o gerenciamento (do ponto de vista de permissões).
Sim, você deve definir cada instância para escutar em uma porta TCP diferente. Você deve ter arquivos conf separados para cada instância. E sim, você pode modificar os arquivos conf e reiniciar cada instância do Apache sem influenciar os outros.