De acordo com o seu exemplo, se você adicionar ServerAlias domain.com à sua configuração VirtualHost , o conteúdo para beta.domain.com e domain.com será exibido no diretório /home/domain/public_html .
Não estou familiarizado com o DirectAdmin, mas ao fazer login no sistema de demonstração no link com o nome de usuário demo_admin e a senha demo, parece que você pode fazer alterações personalizadas na configuração do Apache de um domínio acessando "Configurações HTTPD personalizadas" em "Recursos extras" na página principal, selecione o domínio em questão, digite as diretivas extras necessárias e clique em Salvar.
Algo parecido com isto: