A mesma coisa aqui.
Eu até tentei encontrar o código-fonte do gerenciador de host, mas parece não ter muita informação sobre isso, e as pessoas parecem não usar muito.
Não encontrei nenhuma configuração de host virtual em server.xml
que acabei de adicionar por meio do host-manager. Então, acontece que o gerenciador de host aplica a mudança na hora e desfaz quando o tomcat é desligado.
Então, apenas esqueço o gerenciador de host e configuro o host virtual diretamente no server.xml. : D