Isso deve funcionar:
bcdedit /set {default} bootstatuspolicy ignoreallfailures
ou
bcdedit /set {default} recoveryenabled No
Além disso, você pode limpar a chave do registro aqui: HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ CurrentControlSet \ Control \ Gerenciador de sessão \ BootExecute
(Ainda não tentei isso, mas parece promissor)
Auto-reparo do Windows ... nunca foi exatamente o que eu esperava.
Quanto à automação, parece que bcdedit tem / save e / import flags - então se essa exportação for transferível para outro sistema, você poderá colocar isso em um script de login facilmente.
(pré-edite o pensamento idealista) Desculpe se estou simplificando demais, mas se você tirar um instantâneo do sistema depois que o sistema estiver completamente configurado (ou atualizar sua imagem para incluir esse instantâneo), eu pensaria que isso faria com que o automático reversão para reverter para o estado que você está esperando.