Alguns pontos que vale a pena conferir ...
Eles aparecem no serviço de Sincronização de Perfis de Usuário? Se você abrir a Administração Central e acessar o Serviço de Perfil de Usuário, poderá visualizar os perfis de usuário importados na página Gerenciar Perfis de Usuário.
Também pode valer a pena verificar se você está importando usuários apenas de determinados contêineres no AD, isso também pode ser verificado no Serviço de Perfil do Usuário > Configurar conexões de sincronização.