O pacote nativo python
faz um número de correções para a fonte do Python para que ele use lib64
. Eu recomendo que você encontre o pacote fonte nativo, extraia seu conteúdo e aplique os patches para a fonte upstream.
Na verdade, recomendo que você gere seu próprio pacote para a versão mais recente, mas isso pode ser assustador se você nunca criou um pacote antes.