A melhor opção é corrigir o iscsi para que você não perca seus LUNs. Você corre o risco de corromper seus bancos de dados.
Meu palpite é que o SQL Server está falhando porque está perdendo seus bancos de dados do sistema. mover os bancos de dados do sistema para um disco local & ele irá parar o travamento do sql server. Você pode deixar seus bancos de dados de usuário no iSCSI por sua conta e risco, mas o sql server deve sobreviver perdendo os bancos de dados do usuário.