maneira correta de fazer isso foi
Aqui está uma cópia do código dentro do script que o sudo era necessário na linha s3cmd.
#!/bin/bash
AFolderName="archivefolder"
AFileName="archive.zip"
echo "setting variables"
if [ -d $AFolderName ]
then
rm -r $AFolderName
fi
echo "checked if folder exists"
mkdir $AFolderName
cd $AFolderName
echo "about to zip"
zip -r $(date +%Y%m%d)_$AFileName /var/www/*
echo "zipped"
echo "about to s3"
sudo s3cmd put $(date +%Y%m%d)_$AFileName s3://mytestbucket
echo "s3ed"
cd ..
rm -r $AFolderName
echo "done"
o crontab precisa ter a ROOT removida.
* / 10 * * * * /tmp/myscript.sh > /tmp/ms.log