Não é realmente uma coisa específica do SharePoint, é uma boa prática para qualquer serviço instalado usar contas de serviço com o mínimo de privilégios necessários para executar as tarefas que devem ser executadas.
Este documento aborda bem o assunto.
Se implementada corretamente, é uma configuração mais segura, por isso não tenho certeza se há algo a ser reconciliado em "organizações de alta segurança" que eles já deveriam estar fazendo isso.
O Server 2008 R2 tem algumas melhorias legais para facilitar a vida a este respeito.