A maioria dos problemas que vi com arquivos compartilhados do Excel tem a ver com a pasta na qual a planilha está, por causa dos arquivos temporários, portanto, você pode verificar se todos os usuários usando o arquivo têm acesso de leitura / gravação / exclusão para a pasta (embora eu imagino que isso já é verdade, porque seus usuários podem usá-lo normalmente com 1 mudança de cada vez agora).
A outra coisa que você pode fazer para tentar limpar todos os problemas é redefinir o compartilhamento. Faça com que todos fechem e abra você mesmo. Na caixa de diálogo de compartilhamento, ele mostrará a você os usuários que o abrem e você deve certificar-se de que ele só seja exibido. Remova qualquer outro usuário listado como tendo aberto. Em seguida, escolha não compartilhar o arquivo e salve-o. Limpe todos os arquivos temporários ao lado da planilha e certifique-se de que você (e os outros usuários) possam abrir, salvar as alterações e fechar o arquivo normalmente, um de cada vez. Se tudo correr bem, faça com que uma pessoa a abra e faça com que ela seja compartilhada novamente. Isso pode limpar os problemas que você estava tendo, mas observe que isso removerá qualquer histórico de alterações, se você mantê-lo.
Outra opção que você pode ter é atualizar o Excel. Não sei como isso é possível na sua situação, mas o Office 2007 e o Office 2010 manipularão o arquivo grande com mais eficiência, e isso poderá corrigir seu problema se nada funcionar.