Esta é praticamente a melhor maneira de fazer isso, a "configuração padrão" é mais das diretrizes do que qualquer outra coisa. A maioria dos meus servidores não tem nada remanescente da configuração padrão, e todos os nossos hosts virtuais executam o SSL individual para cada site.
Enquanto o mecanismo SSL estiver ativado e você tiver sua configuração de SSL em seus hosts virtuais, essa é uma maneira perfeitamente aceitável de configurar um servidor de produção.