Parece que você precisa fazer o aplicativo estar na raiz do site. Então, crie um novo diretório fora da pasta inetput, como C: \ myweb.
Em C: \ myweb, adicione seu aplicativo wordpres Abra o console de gerenciamento do IIS e adicione um novo site chamado www.mydomain.com e aponte a raiz da Web para C: \ myweb.
Você pode usar cabeçalhos de host para fazer com que www e qualquer outro subdomínio aponte para o mesmo site no IIS.