A opção Apache httpd FollowSymLinks
é válida apenas para o Apache httpd e modifica apenas o comportamento do servidor da web. O PHP (seja implementado como um módulo do Apache ou através do CGI / FastCGI) não sabe nada sobre esta opção.
Do ponto de vista técnico, resolver o link simbólico e abrir o arquivo de destino é um pouco mais complicado do que abrir o arquivo de destino diretamente, mas, na prática, você não verá a diferença.