Eu só vi isso acontecer quando há código personalizado acessando o SharePoint e removendo os usuários. Verifique os logs do servidor no inetpub para ver se uma pessoa ou conta de serviço está removendo acidentalmente pessoas.
O WSS não apenas removerá as pessoas aleatoriamente, mas também será solicitado a fazê-lo.
Verifique também seus trabalhos de timer na Administração Central.
Se você estiver falando sobre um pequeno número de usuários, posso fornecer um script do PowerShell que fornecerá os direitos de upload deles para eles em um agendamento.