É o "$ ORIGIN". Isso está bagunçando você. Isso está dizendo que tudo precisa ser totalmente qualificado.
Pegue a linha $ ORIGIN, e onde você tiver "domain.com" para o registro SOA, coloque @.
$TTL 86400 ; 1 day
@ IN SOA ns.domain.net. root.domain.net. (
2008021701 ; serial
10800 ; refresh (3 hours)
3600 ; retry (1 hour)
604800 ; expire (1 week)
86400 ; minimum (1 day)
)
NS ns.domain.net.
NS ns2.domain.net.
A 66.207.212.60
MX 10 rosewood.domain.net.
MX 20 ebony.domain.net.
TXT "v=spf1 mx:smtp.domain.com include:domain.com ~all"
$INCLUDE "masters/domain-common-services.inc";