Primeiro adicione um RewriteBase , isso removerá a parte /images/ na string de consulta. Você receberá photo.jpg?w=... em vez de /images/photo.jpg?w=... .
Segundo adicione /images/ ao redirecionamento, porque seu redirecionamento atual diz para ir para http://mysite.com/thumbs/phpThumbs... em vez de http://mysite.com/images/thumbs/phpThumbs... .
Isso dá algo assim:
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteBase /images/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{QUERY_STRING} ^.+
RewriteRule ([^\s]+(\.(?i)(jpg|png|gif|bmp))$) /images/thumbs/phpThumb.php?src=$1 [L,QSA]
</IfModule>