O Exchange 2007 não oferece suporte ao uso do NTBACKUP (o software de backup integrado do Windows) antes do service pack 2, mas ele é bem-sucedido após a aplicação do service pack.
Atualize seu Exchange para o SP2 (você já deveria tê-lo feito de qualquer maneira, como já está fora por um bom tempo ...) e você poderá usar o NTBACKUP para fazer backup e restaurar suas lojas.