Você está perguntando duas coisas diferentes com duas respostas diferentes.
1) Você pode usar netsh
para definir preferências de rede a partir da linha de comando no WinPE.
2) Se o seu problema é a falta de um driver de rede, você pode injetá-lo diretamente no .wim que você está usando como seu ambiente de pré-instalação com o DISM, que faz parte do WAIK. Isso fará com que o dispositivo de rede seja detectado e inicializado corretamente ao usar o WinPE. Seus arquivos autônomos existentes continuarão funcionando corretamente.