não significa que algum diretório no caminho absoluto para acessar o log não existe. nginx escreve para arquivos de log do processo mestre, geralmente em execução como root (se o nginx foi iniciado pelo root). talvez seja o log de acesso principal ou um log de algum outro host, verifique você mesmo executando
grep -n access_log /path/to/nginx.conf
ou se você usar o padrão sites- * structure, execute isso para todos os arquivos lá. na verdade, não sugiro usar esse esquema. quando de repente você precisar alterar as configurações de 200 sites, você terá que editar mais de 200 arquivos de configuração:)