Você verificou que não é o próprio aplicativo da Web que está alterando as permissões? grep a fonte para chmod .
Eu continuo mudando as permissões de arquivo para o arquivo /var/www/html/websitename/settings.php para 775 e em 15 minutos ou mais ele volta 555.
O proprietário do arquivo é "apache" e a propriedade do grupo é para nossos desenvolvedores Linux, assim como todos os outros arquivos que não estão tendo esse problema.
Obviamente, deve haver algum tipo de processo em execução que esteja alterando automaticamente as permissões de arquivo (talvez o apache?), mas não consegui descobrir.
Qualquer ajuda seria muito apreciada.
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