Você pode tentar usar a herança em vez de especificar explicitamente as configurações de segurança para cada arquivo.
Clique com o botão direito na pasta - > Propriedades - > Segurança - > Avançado Certifique-se de que "Permitir permissões herdáveis ...." está marcada. Adicionar usuário e especificar suas permissões.
Outra maneira é definir permissões programaticamente. Aqui está um exemplo de código em C # que mostra como definir a ACL. A maneira programática é mais flexível: você pode esperar periodicamente antes de definir as permissões de segurança. Daí servidor perf não vai sofrer.