Você deve diagramar, isolar e observar todos os caminhos possíveis para a latência. Parece que todos os pedidos (arquivos) relacionados a E / S estão demorando muito mais que o conteúdo dinâmico. Use iostat. Tente comparar com outras operações locais de I / O e ferramentas de benchmarking (dd, bonnie) e veja se ele se parece com um comportamento "normal" para este sistema ou algo específico para o Apache.