As duas interfaces estão na mesma rede ou em diferentes?
Em qual deles é o gateway padrão do servidor?
De onde você está se conectando?
O RDP normalmente escuta em todos os endereços IP do servidor, então você deve poder se conectar a qualquer um deles, a menos que algum firewall (incluindo o do servidor) esteja bloqueando você.
Mas se todos os itens a seguir forem verdadeiros, você terá o chamado problema de "roteamento dividido" e não poderá se conectar:
- O servidor tem o endereço IP A na rede A e o endereço IP B na rede B
- O gateway padrão do servidor está na rede A
- Você está tentando se conectar ao endereço IP B
- Você não está diretamente conectado à rede B
Nesse cenário, seus pacotes chegarão ao servidor no endereço IP B, mas enviarão suas respostas por meio do endereço IP A ao seu gateway padrão, porque seu endereço não está localizado em nenhuma rede que ele possa acessar diretamente; então esses pacotes podem, e provavelmente serão, descartados por algum roteador no meio, que não vai gostar deles (e por uma boa razão).
Editar:
Uma possível solução pode ser definir uma rota estática no servidor para que ela atinja a rede em que seu cliente está localizado através do mesmo roteador que a conexão está passando.
Digamos que você tenha o seguinte cenário:
Network A: 192.168.1.0/24
Network B: 192.168.2.0/24
Network C: 10.1.2.0/24
A default gateway for network A with IP address 192.168.1.1
A router between network B and network C with two IP address: 192.168.2.1 and 10.1.2.1
Server's IP on network A: 192.168.1.10
Server's IP on network B: 192.168.2.10
Server's default gateway: 192.168.1.1
Your client's IP on network C: 10.1.2.3
Your client's default gateway: 10.1.2.1
Nesse cenário, sua conexão passará pelo roteador que fica entre a rede B e a rede C, mas o servidor enviará suas respostas ao gateway da rede A (daí o problema de roteamento de divisão).
Você pode adicionar uma rota estática ao servidor para avisar à Rede C pelo outro roteador:
ROUTE ADD -p 10.1.2.0 MASK 255.255.255.0 192.168.2.1
Se este é o seu cenário, a solução de rota estática deve funcionar bem.